Le premier fonds du musée des Beaux-Arts d’Agen a une double origine : les biens confisqués aux émigrés en 1792 et l’ancien fonds du musée de la Société d’Agriculture d’Agen.
Le premier musée d’Agen rend hommage à ses donateurs avec des salles portant leur nom. Le dernier chantier de rénovation (1971-1976) bouscule ce principe et crée un parcours chronologique, qui fait la part belle aux œuvres à l’occasion du centenaire du musée.
Au fil des nouvelles acquisitions, des restaurations, des dépôts, les parcours de visite proposés aux visiteurs connaissent des modifications, toujours dans le but de protéger et de mettre en valeur les œuvres d’art conservées afin de transmettre au mieux la culture à tous.